清池消毒殺菌

當室內池養殖六個月，最慢一年一定要淨空清池，移除所有的魚，徹底做清池並消毒殺菌的工作，這樣子可確保養殖順利賺錢 。

要清池，先將養殖池淨空，移魚到別的系統，開始排水順便打掃刷洗養殖池，也可用強力水柱沖洗池壁，讓所有的污水回流到沉澱池，養殖池清潔後，開始沖洗生物過濾床池，以逆洗方式水從上往下沖洗，所有污水都會回流到沉澱池，所以沈澱池要一直排水，接著就清洗沉澱池，清洗完後，將沈澱池水排乾即可，接下就是清曝氣池，因之前的設計不良，必需要把所有珊瑚石挖出，再作清洗去除底泥(非常臭比大便還臭 ! )，目前已整修改建為可以逆洗，只要用水由上往下沖洗即可以清除八、九成的污染物。
 
當全部都清完後，重新入水，殺菌工作是用漂白水有效氯12%，每噸水用50cc 順便將所有用具網具等用品丟進水裡消毒，循環水打開，未淹到水的池壁，也用漂白水潑洗，讓系統循環跑二、 三天，再排清所有水體，讓水池涼乾，就可以入水重建硝化系統，當然有些前輩消毒會做兩次，一次用漂白水(次氯酸鈉)或漂白粉(次氯酸鈣) ，一次用BKC 50% 用10ppm 80% 用5ppm。

現在還有用二氧化氯，效果聽說更好且不會有殘留問題，請依照每個廠家指示使用，但成本比較高。